نحوه عزل و نصب ها، به صورتی بود که موجبات اعتراض تشکل های دانشجویی و نمایندگان مجلس را درپی داشت و موجب شد بارها نمایندگان مجلس وزیرعلوم را برای پاسخگویی در خصوص تغییرات صورت گرفته به مجلس فرا بخوانند.
تغییر روسای دانشگاهها با اعزام کمیته هایی تحت عنوان هیات های ارزیابی وزارت علوم به دانشگاه ها آغاز می شد که در نوع خود برای اولین بار بود که وزیری بدین صورت روسای دانشگاه ها را عزل و نصب می کرد. این نحوه عزل و نصب ها حاشیه هایی را به دنبال داشت به طوریکه در روزهای آخر سال ۹۲ ، روح الله حسینیان نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی از آماده شدن پیش‌نویس استیضاح وزیر علوم تحقیقات و فناوری خبر داد.
البته این مسایل نیز موجب نشد تا وزیرعلوم قطار عزل و نصب های روسای دانشگاه ها را متوقف کند و علاوه بر ۳۱ رئیس دانشگاهی که عزل و نصب شده بودند در روزهای آخر سال ۹۲ روسای دانشگاه های شاهرود، کاشان، صنعتی شیراز ، علوم کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان ، بجنورد، صنعتی دزفول و شهید چمران اهواز را منصوب کرد .
براساس این گزارش از مجموع ۷۶ رئیس دانشگاهی که بررسی شده است ۳۸ رئیس دانشگاه در زمان سرپرستی دکتر جعفر توفیقی و رضا فرجی دانا تغییر کرده ، تنها یک رئیس آن هم رئیس دانشگاه قم ابقا شده و ۳۷ رئیس دانشگاه دیگر با رئیس و سرپرست دوره قبل مدیریت می شوند و در انتظار تصمیم وزیرعلوم هستند .
روسایی که شاید در سال ۹۳ تعیین تکلیف شوند
رضا روستا آزاد- رئیس دانشگاه صنعتی شریف، عبدالرسول پورعباس - رئیس دانشگاه جامع علمی کاربردی، حسین زمانیان - رئیس دانشگاه لرستان، بهمن امانی- رئیس دانشگاه ملایر، رضا رنجبر کریمی - دانشگاه ولیعصر رفسنجان، جهانشیر امینی- رئیس دانشگاه کردستان، مسعود گنجی - رئیس دانشگاه محقق اردبیلی، بیژن رنجبر- رئیس دانشگاه تربیت مدرس، سعید کشن فلاح - رئیس دانشگاه هنر و علیمحدی - رئیس دانشگاه ایلام از روسای دانشگاهی هستند که از دوره قبل رئیس دانشگاه هستند.
دانشگاه های ولایت، سیرجان، شهیدبهشتی، زابل، الزهرا(س)، بناب، دریانوردی و علوم دریایی چابهار، فسا، سیستان و بلوچستان، نیشابور، تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته کرمان، مازندران، زنجان، علوم و فنون دریایی خرمشهر و شهرکرد، صنعتی کرمانشاه و خلیج فارس، از دیگر دانشگاهی هستند که شاید در سال آینده تغییراتی در آنها رقم بخورد.
علی حقیقی اصل-رئیس دانشگاه دامغان، محمدعلی کی نژاد- رئیس دانشگاه هنر اسلامی تبریز، دکتر علی خیرالدین - رئیس دانشگاه سمنان، کامیار ثقفی - رئیس دانشگاه شاهد، احمد نوحه گیر - رئیس دانشگاه هرمزگان، فرهنگ مظفر - رئیس دانشگاه هنر اصفهان، علیرضا رهایی - رئیس دانشگاه صنعتی امیرکبیر، محمدرضا میری - رئیس دانشگاه بیرجند، محمدرضا چغانلو - رئیس دانشگاه صنعتی سهند ودکتر زلفی گل رئیس دانشگاه بوعلی روسای دانشگاهی هستند که مدت حکم ریاستشان به اتمام رسیده و شاید زودتر از روسای دیگر دانشگاه ها تغییر کنند.
به گزارش مهر، دکتر رضا فرجی دانا بعد از تغییر رئیس دانشگاه تهران درخصوص ادامه روند تغییرات روسای دانشگاهها گفته بود در حال حاضر دیگر این تغییرات ادامه ندارد و ما به طول مدت احکام روسای دانشگاهها پایبند هستیم مگر اینکه دلیلی برای تغییر آنها رخ دهد.
وزیرعلوم با وجود اینکه اعلام کرده بود روسای دانشگاه ها تا پایان احکامشان باقی خواهند ماند در روزهای آخر سال چند حکم برای روسای دانشگاهها صادر کرد که نشان از عدم پایبندی وی به احکام روسا بود از این رو انتظار می رود این روند در سال جدید نیز ادامه داشته باشد.