این آزمون در دو نوبت صبح و عصر برگزار شد و داوطلبان در آزمون نوبت صبح در مدت ۱۲۰ دقیقه به سئوالات چهارگزینه‌ای پاسخ دادند و در نوبت عصر در ۱۵۰ دقیقه به سئوالات تشریحی پاسخ گفتند.
ظرفیت پذیرش در این مقطع تحصیلی حوزه‌های علمیه خواهران ۵۰ نفر خواهد بود که مراحل پذیرش شامل آزمون کتبی و مصاحبه علمی - رفتاری می‌شود.
زمان تحصیل در این مقطع حداقل هشت و حداکثر ۱۲ نیمسال تعیین شده است؛ همچنین دروس پایه و تخصصی به ارزش ۶۰ واحد و رساله علمی به ارزش ۲۰ واحد، عناوین کلی درسی مقطع سطح چهار را تشکیل می‌دهند.
آزمون کتبی که از منابع تخصصی و زبان تخصصی به عمل می‌آید، ۷۵ درصد و معدل مقطع سطح سه، ۲۵ درصد امتیاز آزمون را تشکیل می‌دهند.
در همین حال فعالیت‌های علمی، پژوهشی و تربیتی داوطلبان شامل سابقه تدریس، تالیف کتاب، مقاله و ... و مدیریت موفق اجرایی امور آموزشی، پژوهشی و فرهنگی در مراکز حوزوی، دارای امتیاز در معرفی داوطلبان به مصاحبه است.
قرار است نخستین دوره مقطع دکتری حوزه های علمیه خواهران در سال تحصیلی ۹۳-۹۴ در رشته فقه و اصول با گرایش فقه خانواده و رشته تفسیر و علوم قرآنی با گرایش تفسیر تطبیقی برپا شود.
این دوره در شهر قم در مدرسه علمیه معصومیه و مرکز تربیت مدرس صدیقه کبری(س) ویژه هر دو گرایش، در شهر اصفهان در مدرسه علمیه فاطمه الزهرا(س) ویژه گرایش تفسیر تطبیقی و مدرسه مجتهده امین ویژه گرایش فقه خانواده و در شهر تهران در مدرسه علمیه رفیعه المصطفی ویژه هر دو گرایش اجرا خواهد شد.