تاکنون مقطع سطح دو حوزه‌های علمیه خواهران به صورت عمومی اجرا می‌شد اما در مصوبه جدید که برای تصویب نهایی به شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران ارسال شده پیش‌بینی‌شده است این مقطع در گرایش‌های فقه و اصول، قرآن و حدیث، کلام اسلامی، اخلاق و تربیت اسلامی و تاریخ اسلام اجرا شود.
اجرای این مصوبه موجب ایجاد یک تحول نسبی در نظام آموزشی و جذب دامنه وسیع‌تری از علایق و استعدادها به حوزه‌های علمیه خواهران می شود؛ همچنین در صورت اجرای این مصوبه داوطلب با توجه به نوع سلیقه و آمادگی‌های فکری وارد حوزه می‌شود و استان‌های مختلف بر اساس ظرفیت‌های علمی هر یک از این گرایش‌ها را اجرا می‌کنند. در این صورت بهره‌وری نظام آموزشی نیز ارتقا می‌یابد.
تعیین ضوابط کلی حاکم بر نظام تعلیم و تربیت حوزه‌های علمیه خواهران از دیگر مصوبات شورای علمی تربیتی حوزه‌های علمیه خواهران است که در این ضوابط به این نکته توجه ویژه شده که مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران صرفا یک مرکز آموزشی نیست و در ارزشیابی‌های آن نباید صرفا به ارزشیابی‌های آموزشی توجه کرد.
در این راستا سه محور علم، اخلاق و مهارت مورد توجه و به دنبال آن سه نظام آموزشی، مهارتی و تربیتی مورد توجه قرار دارد. پس ارزشیابی‌های تحصیلی باید معطوف به هر سه محور باشد.
به گزارش مهر، شورای علمی تربیتی حوزه‌های علمیه خواهران تعیین جایگاه برنامه‌های پژوهشی در نظام تعلیم و تربیت خود را در دست بررسی دارد که بر اساس آن ساعات معین و مشخصی به این امر اختصاص می‌یابد.
تنوع در نظام و برنامه‌های آموزشی از دیگر پیشنهادات در دست بررسی این شورا است که در این پیشنهاد تلاش شده نظام تحصیلی حوزه‌های علمیه خواهران به گونه‌ای تنوع یابد که دامنه وسیع‌تری از علاقه‌مندان به آموختن معارف اسلامی را دربرگیرد.
در اصلاحات اخیر در شورای علمی تربیتی حوزه‌های علمیه خواهران نسبت به بحث خانواده و مساله مهارت‌های زندگی (تدبیر منزل)، دروسی در برنامه آموزشی پیش‌بینی شده است.
معاونت‌های آموزش، پژوهش و فرهنگی‌تربیتی لازم است الزامات اجرایی این مصوبه را تعیین و به شورای علمی تربیتی حوزه‌های علمیه خواهران پیشنهاد کنند.