بنیاد ملی نخبگان پس از بررسی فعالیت های علمی دانشجویان در بنیادهای نخبگان استانی و راستی آزمایی داده ها به کمک دانشگاه های محل تحصیل آنها، فهرست دانشجویان دارای بیشترین امتیاز را تعیین می کند و از این طریق تسهیلات و جوایز بنیاد ملی نخبگان به افراد مشمول اعطا می شود.

هرساله با شروع آغاز سال تحصیلی، اسامی دانشجویان برگزیده اعلام می شود و این افراد می توانند از تسهیلات جایزه های تحصیلی بنیاد ملی نخبگان بهره مند شوند.

در جدول زیر جزئیات جوایز بنیاد ملی نخبگان برای دانشجویان برتر مقطع کارشناسی تشریح شده است:

تسهیلات ودیعه اجاره مسکن به صورت وام قرض الحسنه از طریق صندوق های رفاه دانشجویی وزارتخانه های علوم و بهداشت و دانشگاه آزاد و صرفا به دانشجویان متاهل اعطا می شود و در صورتی که دانشجو و همسرش هر دو مشمول جایزه تحصیلی باشند، تنها به یکی از آنها وام تعلق می گیرد.