جایزه‌ دکتر فتح‌الله مجتبایی هر ساله در دی ماه به بهترین پایان‌نامه‌ دوره‌ دکتری در زمینه‌های «ادیان و عرفان» و «زبان و ادبیات فارسی» با هدف ارتقاء علمی و تشویق دانشجویان دوره‌ دکتری در رشته‌های مذکور اهدا می‌شود.

دانشجویان دوره‌ دکتری در این دو رشته که در سال ۱۳۹۵ از پایان‌نامه‌ خود دفاع کرده‌اند، می‌توانند یک نسخه از پایان‌نامه‌ خود را همراه با ذکر نشانی و مشخصات تا ۱۵ شهریور به دبیرخانه‌ این جایزه واقع در خیابان شهید بهشتی، خیابان شهید احمد قصیر (بخارست)، نبش کوچه‌ سوم، پلاک ۸، مرکز فرهنگی شهر کتاب ارسال کنند.

هیات داوران پس از داوری پایان‌نامه‌های رسیده، پایان‌نامه‌ برگزیده را معرفی می‌کنند.

در شش دوره‌ گذشته‌ این جایزه، سمیرا بامشکی، علیرضا اسدی، محمدرضا عدلی، سلمان ساکت، ارسطو میرانی، سیده لیلا سیدقاسم، مجتبی مجرد، زهرا زارع، محمد ابراهیم‌پور نمین و فرزین غفوری برگزیدگان این جایزه‌ بوده‌اند.

پایان‌نامه‌های ارسالی به دبیرخانه این جایزه، برگشت داده نمی‌شوند. و شرکت کنندگان باید از ارسال پایان‌نامه‌هایی که پیش از سال ۹۵ یا پس از آن دفاع شده‌اند، خودداری کنند. همچنین پایان‌نامه‌ برگزیده به همت انتشارات هرمس به صورت کتاب منتشر می‌شود.