هر سال در بودجه کشور، ردیف بودجه ای برای حمایت از صندوق های رفاه، وزارت علوم، بهداشت و دانشگاه آزاد اسلامی اختصاص داده می شود. در همین قانون نیز تصریح شده است که منابع حاصل از بازگشت وام ها باید مجددا به صندوق ها تخصیص داده شود تا بتوانند آن را در قالب تسهیلات به دانشجویان اختصاص دهند.

وزارت علوم هر ساله از منابع بودجه مبالغی را نیز در اختیار دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی قرار می دهد که البته این مبلغ با توجه به تعداد دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی مبلغ ناچیزی بوده و درصد کمی از دانشجویان می توانند از وام صندوق رفاه وزارت علوم بهره مند شوند.

طبق آمار این مبلغ نسبت به نیمسال مشابه سال ۹۴، ۶۵ درصد کاهش یافته که با رایزنی های انجام شده وزارت علوم قول مساعد داده تا در ترم آتی منابع بیشتری را برای دانشگاه آزاد اسلامی در نظر گیرند.

از سوی دیگر توضیح این نکته ضروری است که براساس قوانین و مقررات وزارت علوم، وام شهریه به صورت مستقیم و پس از دریافت تضمین های کافی از سوی وزارت علوم به دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی پرداخت می شود و این دانشگاه هیچ گونه ضمانتی در این خصوص را عهده دار نیست.

بنابراین دانشگاه آزاد اسلامی هیچ بدهی به صندوق رفاه وزارت علوم نداشته و این بدهی مربوط به دانشجویان این دانشگاه است.